目前，通过12306网站网购火车票，进行在线支付时，可直接选择工行、中行、农行、招行、银联、建行，以及中铁银通卡的网上银行支付。
而对于人们呼声很高的铁路网络订票，改组前的铁道部运输局称，网上订票系统已进入调试阶段，相关商务合作也在进行中，争取早日开通。由于涉及跟多个单位的合作，网络订票开通时间，现还未公布。
12306网是铁路客户服务官方网站，提供火车票查询、网上订票、铁路知识和新闻公告、货运信息查询等。12306网站购票业务是2011年6月12日投入，2011年6月12日5时，京津城际高铁开始试行网络售票，2011年年底，全国铁路已经全面推行网络售票。但在出行高峰期间，12036网站往往频繁拥堵甚至崩溃，引发人们不满。
2012年中秋、国庆前夕，12306系统被曝花费3亿巨资，然而，不相符的系统质量引起人们对招标过程产生怀疑。
铁路总公司公示全文如下：
铁路客票电子支付第三方支付合作伙伴项目中标候选人公示
(招标编号：RFAMIS2013-01)
经评标委员会评定并报招标人批准，现将铁路客票电子支付第三方支付合作伙伴招标项目中标情况公示如下：
中标候选人：支付宝(中国)网络技术有限公司
公示时间：2013年6月6日至6月8日。
在公示期间，所有投标人和其他利害关系人如对公示结果有异议，可以在公示期间以书面形式向招标代理机构提出，逾期将不再受理。
招标代理机构：中国铁路建设投资公司;
详细地址：北京西客站地区南蜂窝路9-1号;
邮政编码：100055;
联系人：周先生;
电话：(010)51892794
传真：(010)51892794
特此公示。
中国铁路建设投资公司
二○一三年六月六日
